Az új Mt-t alapvetően a hatálybalépésekor fennálló jogviszonyokra kell alkalmazni. Az átmeneti rendelkezések kapcsán azonban kiemelendő, hogy – az új szabályokra való könnyebb átállás miatt – egy szabályok még nem lépnek hatályba július 1-jén, illetve bizonyos megállapodásokra továbbra is a korábbi Mt. az irányadó. Például, az új Mt. hatálybalépését megelőzően megkezdett tanulmányokra a tanulmányok befejezéséig, de legfeljebb a jogszabály vagy az oktatási intézmény által előírt képzési idő tartamára a régi munkajogi szabály lesz az irányadó. Ugyanígy a versenytilalmi megállapodásra és a tanulmányi szerződésre is a megállapodás megkötésekor hatályos rendelkezések az irányadók. Az Mt. hatályba lépését megelőzően igénybe vett fizetés nélküli szabadságra a régi Mt-nek a fizetés nélküli szabadság igénybevételekor hatályos szabályait kell alkalmazni.

Bizonyos szabályok csak 2013. január 1-jén lépnek hatályba. Ennek megfelelően a munkaszerződéstől eltérő foglalkoztatás szabályai, a szabadságra vonatkozó szabályok, valamint a távolléti díjra vonatkozó szabályok csak január 1-től alkalmazandóak.
Az átmeneti rendelkezésekről szóló törvény rendezi azokat az eseteket, ha a korábbi terminológia már nem lenne összhangban az új Mt-vel. Így például ha a felek az Mt. hatálybalépését megelőzően kötött munkaszerződésben munkahely megjelölése nélkül változó munkavégzési helyet határoztak meg, munkahelynek a szokásos munkavégzési munkahelyet kell tekinteni, vagy ahol kollektív szerződés vagy a felek megállapodása személyi alapbért említ, azon alapbért, ahol átlagkeresetet említ, azon távolléti díjat kell érteni.

Az átmeneti rendelkezéseket tartalmazó törvényt várhatóan 2012. június végén fogadja el az Országgyűlés.